En octobre 1804, peu de temps après son ordination comme prêtre, Henry Phillpotts épouse Deborah Maria Surtees (1782-1863). Elle était une nièce de John Scott, 1er comte d'Eldon. Ainsi ce mariage a représenté une hausse de milieu social pour Phillpotts qui était issu d'un milieu modeste.
Ils ont eu 18 enfants. L'un d'entre eux est William Phillpotts (1807-1888), archidiacre de Cornouailles et vicaire de St Gluvias. Des promotions auxquelles son père n'est bien sûr pas étranger.